아쿠에리온의 오래된 격전으로부터 만 2천년 후차원 게이트를 넘은
이차원에서 애브덕터가 넘어와 인간을 납치하고 그 습격에 인간들은 두려워하며 살고 있다.
그들에게 대항할 수 있는 건 아쿠에리아 라 불리는 합체병기뿐.
3기로 구성된 백터 마진에 탈 수 있는 건 네오 · 디바 학교의 젊은 엘레먼트 후보생들 뿐이다.
어느날, 엘레먼트 능력을 숨긴 채 고독하게 살아온 소년, 아마타는 미코노와 운명적으로 만나게 된다.