할머니에게 물려받은 우인장 덕분에 인간과 요괴들 사이에서 바쁜 나날을 보내고 있는 나츠메. 어느 날 옆 마을에 수상한 요괴가 숨어들었다는 소식을 들은 나츠메는 야옹 선생과 함께 마을을 살펴보고 돌아온다. 하지만 그 틈을 타 따라온 수상한 요괴는 나츠메의 집 마당에서 하룻밤 사이에 나무가 되어 열매를 맺고, 자신을 닮은 열매를 먹어버린 야옹 선생은 무려 세 마리로 늘어나버리는데…!?