2035 년 미래의 일본.
「인공 생체」연구 중에 일어난 대형 사고 "버스트 " 에 의해
폭주한 인공생명체 "물질" 이 쿠 로베 협곡 일대를 침식.
인류에게 희망의 땅이라 칭송받는 연구 도시는 정부에 의해 출입이 금지되었다.

그리고 2 년 후 -
버스트로 가족을 잃은 15세의 타치바나 아이코는 전학생 칸자키 유우야에게 믿기 어려운 사실을 듣게 된다.

그것은 아이코도 몰랐던 자신의 몸에 숨겨진 "비밀" 이었다.
그것을 푸는 열쇠는 버스트의 중심지 "기본 포인트" 에 있다고 한다.

아이코는 안내인 칸자키 유우야와 호위 부대의 다이버들과 함께 봉쇄된 구역에 침입을 결심하지만.

인류의 미래를 짊어진 소년, 소녀가 만났을 때 분명한 진실은?