'별의 수만큼 사람이 있고, 별의 수만큼 만남이 있다. 그리고 이별…'
어느날, 수수께끼의 적이 보손점프 연구기관인 히사고 플랜의 거점을 하나둘씩 파괴하기 시작하고
연합군 함장 아오이 준은 단독으로 보손점프를 하는 정체불명의 기체를 목격하게 된다.
조사를 위해 히사고 플랜 산하의 터미널 콜로니 아마테라스에 도착한 루리.
수상함을 느낀 루리는 하리에게 해킹을 지시, 설계도에 없는 블록의 존재를 알게 되는데
로봇 진압을 위해 출동한 파일럿 중 스바루 료코가 있는 것을 안 루리는 료코에게 부탁하여 수수께끼의 로봇에 통신 연결을 시도한다.
정체불명의 파일럿은 '시간이 없다. 보는 건 너희들 마음이다'라는 말만을 남기고 숨겨진 블록을 연다.

숨겨진 블록에 있던 것은 지구와 목련이 모두 노리고 있던 화성의 유물인 보손점프의 블랙박스. 이것이 히사고 플랜의 정체였다.
유물의 정체가 밝혀짐과 동시에
'지구와 목련 모두를 타도한다'라는 기치를 내건 조직 '화성의 후계자'가 쿠데타를 일으켜 아마테라스를 점거하고,
호쿠신이라는 남자가 이끄는 별동대 '육인중'이 등장하여 정체불명의 로봇을 공격한다.

루리와 료코는 유적의 블랙박스 안에 갇혀 있는 유리카의 모습을 보게 되며,
정체불명의 파일럿의 정체가 죽은 줄 알았던 아키토라는 사실을 깨닫게 되는데…