조용히 황폐해지며 멸망해가는 행성 에르토리아.
황폐해져가는 토지에 남은 가족 플로리안 일가는 '행성 재생'을 꿈꾸며 연구하고 있는, 연구자 부부와 두 명의 딸 아미티에와 키리에의 4인 가족. 허나 아버지 그란츠 플로리안이 병으로 쓰러져 "행성 재생"의 꿈은 무너져 버린다.

그러던 중, 키리에는 아득히 머나먼 세계에서 아버지의 구원과 "행성 재생"의 꿈을 추구한다. 그런 키리에를 언니 아미티에가 막으려지만 키리에는 언니의 제지를 뿌리치고, 소꿉친구이자 절친인 이리스와 함께 아득히 머나먼 세계로 여행을 떠난다. 행선지는 '지구'라고 불리는 별의 극동지역의 작은 섬나라 일본. "행성 재생"의 꿈을 이루기 위한 "열쇠"를 탐색하는 키리에와 이리스는 일본에 사는 소녀 3명에게 다가간다. 소녀들의 이름은 "타카마치 나노하", "페이트 T. 하라오운", "야가미 하야테"... 그 만남은 두 세계와 두 행성의 운명을 건 싸움으로 이어지게 된다.