인간계가 디스어스란 이세계와의 전쟁에서 또 다른 이세계인 페어트로부터 군사지원을 받은 결과.
마법소녀 및 마녀와 마술사가 생겨나게 된 시대.
3년에 걸쳐 치뤄진 이 전쟁에서 살아남은 마법소녀 아스카는 군대를 은퇴한 뒤 조용한 생활을 보내길 바라고 있었지만.
여전히 이세계와 결탁하여 암약하는 테러 조직으로부터 주위 사람들을 지키기 위해.
육상자위대 특수작전부의 마법소녀 특수전 개발부대에 들어갈 것을 결심한다