이세계에서 돌연히 나타난 이형의 적 "세이렌".
한 번은 결속해서 외적을 쓰러뜨렸을 터인 인류는
이념의 차이로 두 개의 진영으로 분열되어 있었다.
그 중 하나, 아주르 레인의 새 기지에 배속된 라피와 재블린은
망토로 몸을 두른 수수께끼의 소녀 아야나미와 만난다.
그것은 새로운 싸움의 전조였다.