토모에다 초등학교 4학년생인 키노모토 사쿠라는 어느 날 지하 서재에서 우연히 엄청난 마력을 지닌
마법사 크로우 리드가 만든 마력을 지닌 카드인 '크로우 카드'가 봉인되어 있던 마법서를 펼치게 되고,
그 안에 봉인되어 있던 카드들을 일깨워 모두 전국 곳곳으로 흩어지고 만다.
크로우 카드는 그 봉인이 풀리는 날 이 세상에 재앙이 찾아온다고 한다.
결국 사쿠라는 이 세상에 도래할 재앙을 막기 위해 봉인의 마수 케르베로스와 함께
실체화하여 나쁜 짓을 저지르고 다니는 카드들을 다시 봉인하기 위해서 모으러 다니게 된다.