2012년을 기점으로 갑작스럽게 나타나서 인류를 공격하는 존재인 수수께끼의 생명체, 이차원체 노바.
그리고 노바와의 싸움에서 누나를 잃은 소년 아오이 카즈야는 어느 한 학원에 편입생으로 들어가게 된다.
그 곳은 일반 학원이 아닌 노바에 대항할 힘을 가지고 노바와 싸우는 여전사 판도라와 판도라를 보좌해
무이의 파트너가 되는 남자 학생 리미터를 육성하는 제네틱스라는 학원이었다.
그 곳에서는 날마다 노바와의 싸움을 대비해 새로운 판도라와 리미터를 만들 수 있도록 학생들은 날마다
서로 격전을 펼치고 있었으며, 또한 군대처럼 하급생은 상급생에게 절대복종해야하는 규칙이 있었다.
특히나 이 질서에 대해 절대적으로 지키려드는 사람이 있었는데,
그녀는 바로 접촉 금지의 여왕이자 최강의 2학년인 사테라이자 엘 브리짓.
처음 학원에 편입된 카즈야는 그녀에게서 죽은 누나의 모습을 보는데...........