전 세계에 산업혁명의 물결이 밀어닥쳐 근세에서 근대로 넘어가는 19세기~20세기 무렵, 갑자기 불사의 괴물이 나타났다. 강철 피막으로 덮인 심장을 꿰뚫지 않는 한 죽지 않고, 그에 물린 자는 같은 괴물이 되어 사람을 덮친다고 한다. 훗날 '카바네'라 불리게 되는 괴물은 폭발적으로 증식하여 전 세계를 뒤덮어 갔다.

극동의 섬나라인 히노모토(日ノ本)에서는, 카바네의 위협에 맞서 전선을 뚫고있던 두꺼운 장갑으로 덮인 장갑 증기기관차(통칭 준성(駿城))중 하나인 갑철성(甲鉄城)에서 살아남은 이코마 일행은 카바네와 인간의 공방전의 땅, 동해에 밀접해 있는 폐역 「해문(海門)」에서 현로(玄路), 호락(虎落), 해문의 주민들과 「연합군」을 결성, 카바네 격퇴의 대책을 세우고 있었다.

그런 와중, 이코마(生駒)는 해문의 카바네가 통제된 집단 행동을 하는 특징이 있음을 알게 된다. 그 사실을 연합군에 보고하는 이코마였지만, 상대되지 않고 오히려 카바네리라는 이유로 연합군으로부터 억압되고 만다. 이에 분노에 휩싸여 냉정함을 잃은 이코마는 단신으로 적진에 쳐들어갈 것을 결심한다.
한편, 무메이(無名)는 지금까지 자신을 이끌어준 이코마에게 지금까지와는 다른 감정이 싹트기 시작한다. 하지만 그곳에 이코마가 단신으로 적진에 쳐들어간다는 소식이 들려오게 되는데...

새롭게 시작된 카바네와의 싸움. 그리고 무메이와 이코마의 운명은?