대화불능의 이생물 가우나에 의해 파괴된 태양계.
간신히 살아남은 극소수의 인류는 소행성을 선체로한 거대 우주선 시도니아에서 번식하며 우주를 떠도는 길을 선택한다.
그후로 약 1,000년. 시도니아 출항기 1009년. 지하층부에서만 살아왔던 소년 타니카제 나가테는 할아버지의 죽음을 계기로 상층부로 올라오게 된다. 그리고 인간형의 대장갑 모리토의 조종사 훈련학교에 입학하게 되는데...

그리고 다시 인류 앞에 나타난 그들.
100년 만에 다시 가우나와 조우하게 된 인류는, 그리고 나가테는 어떠한 선택을 할 것인가?
인류의 존망을 건 싸움이 지금 시작된다.