지구연방군 이오 플레밍과의 싸움을 제압한 지온공국군의 데릴 로렌츠는
빼앗긴 사이코 자쿠의 정보를 찾기 위해 투쟁을 계속하는 지온잔당의 일원이 되어 지구에서 첩보활동을 벌이고 있었다.
한편 이오는 새로운 동료와 함께‘썬더볼트 작전’에 참가하게 되고,
그러던 이오의 앞에 남양동맹의 국경 수비대 대장을 자처하는 클로디아 페일 중령이 나타난다.
이윽고 갈등은 지온잔당군, 지구연방군, 남양동맹까지 겹치면서 세 진영의 모빌슈트전으로 발전한다.