920년 독일로 떨어진 에드워드는 연금술을 사용할 수 없게 되어, 로켓등의 기계문맹에 관심을 가지된다. 그런데 이곳(현실세계)에서 전설에 등장하는 샴발라라고 불리는 에드의 세계로 가기 위한 음모가 꾸며진다. 여러가지 우여곡절끝에 결국 에드는 아보지 호엔 함임을 연성하고 알은 살아남은 호문크루스인 롸스와 그라토니를 연성하여 문을 열게되는데...