모든 것이 네트워크로 연결된 미래 도시, 군사독재정권 시아크 공화국의 테러리스트 13인이 자살하는 사건이 벌어진다. ‘공각기동대’로 불리는 공안 9과는 이 연쇄 자살을 ‘전뇌 해킹’을 통한 동일 사건으로 판단하고, 사건의 열쇠를 쥔 해커 ‘꼭두각시 조정자’를 찾아 나선다. 하지만 제1의 용의자로 지목된 시아크 공화국의 독재자 ‘카루마 장군’이 싸늘한 주검으로 발견되고 사건은 점차 미궁 속으로 빠져든다. 그러던 중, 2년 전 행방불명 됐었던 전 멤버 ‘쿠사나기 모토코’가 제2의 용의자로 지목되고, 리더 ‘토구사’의 딸이 납치당하는 등 ‘공각기동대’의 절체절명 위기가 닥쳐오는데...