어느 날, 지구는 그레이형 외계인에게 습격당했다.
외계인의 공격에 어떻게 손 써보지도 못하고 괴멸될 위기에 빠진 항공 자위대를 구한 것은,
존재할 리 없는 인간의 얼굴을 가진 전설상의 생물이었다.

국가에서는 그 사건으로 그들이 지구에서 공존하고 있었다는 걸 처음으로 인식하고,
그들을 '경계인'이라 칭하며 관리하에 두었다.

그리고 수년 후.
이민을 비롯해 불가해한 테러 사건들이 발생하고
혼란스러워지는 세계에 어떤 기관이 발족됐다.

그것은 바로 '마지널 서비스'.
경계인들이 일으키는 범죄를 전문적으로 단속하고 그 존재를 철저하게 은폐하는 기관이다.

무대는 재팬 시부주쿠.
이것은 집결한 정예 요원들이 재팬의 기술의 정수인 특수 장비와 함께
밤낮으로 경계인과 대치하며 지구를 구하는 이야기이다.