어느 날, 일본 중부 지방에 있는 미사키 시에서 고등학교 남학생인 사카이 유지가 갑자기 모든 것이 멈춘 곳에 괴물들의 습격을 받는다.
그때 붉은 머리와 눈을 지닌 소녀가 나타나 단숨에 그 괴물들을 처리하는데, 그 소녀는 바로 홍세의 왕인 '천양(天壤)의 겁화(劫火)'의 플레임 헤이즈로, 홍세의 무리를 쳐 없애는 '염발작안(炎髮灼眼)의 토벌자(討罰者)'이다.
사카이 유지는 염발작안의 토벌자가 지닌 검인 '니에토노노샤나'의 이름을 따서, 이름이 없는 그 토벌자에게 '샤나'라는 이름을 지어준다.
아라스톨(천양의 겁화)과 샤나는 홍세의 무리가 사카이 유지의 영시미아를 빼앗으려고 계속 다가갈 거라고 생각해, 사카이 유지의 주변을 계속 감시하기로 하고, 샤나는 사카이 유지와 같은 반 친구인 히라이 유카리로 위장한다.
이해관계가 복잡하게 얽힌 사카이 유지와 그의 친구들이, 자신의 믿음에 따라 미사키 시에서 일어나는 사건들을 해결해가는 이야기이다