간토권내에서 일어나 광역 연속 살인 사건의 현장에는 알파벳으로 새겨진 마작패가 남겨져 있었다. 현장에 남겨진 마작패에 새겨진 알파벳의 의미는 무엇이며 간토 권역의 광역 연속 살인 사건을 일으킨 범인은 과연 누구인가... 경시청은 주변 현경의 형사들을 모아 수사회의를 여는데, 특별 고문으로 모리 코고로 (유명한)가 초대된다. 수사 회의 직후, 회의에 참여했던 한 형사가 진의 차와 같은 포르쉐 356A에 타는 걸 코난이 목격하고... 그 후, 코난은 위험을 무릅쓰고 검은 조직을 추적하기 위한 단독수사를 시작한다. 한편, 용의자 중 한 명이 베이카 마을에서 발견됐다는 정보를 입수하고 현장에 급히 나온 형사들, 거기에는 검은 조직의 스나이퍼 코른의 모습이 보였다. 게다가 테이탄 고등학교와 테이탄 초등학교에서 신이치 (남도일)와 코난의 지문이 묻은 물건을 조직의 새로운 멤버 아이리시에 의해서 도둑맞는다. 그리고 새롭게 일어난 제7의 사건을 토대로 연속살인의 미궁을 밝혀내서 코난(남도일)은 검은 조직과 대치하는데... 코난의 정체가 검은 조직에…. 목숨이 걸리고 정체까지 드러난 코난의 운명은 어떻게 될까? 주위 지인들의 생명은 과연 어떻게 될까?