살해된 자위관 ! 이지스함에 스파이 잠입 ! 란 (유미란)에게 닥치는 마수 ! 매우 위험한 긴급 미션 ! 타겟은 일본 전토 ! 아침 노을의 바다에 떠오르는 , 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배 . 그 배가 모든 것의 시작이었다 . 교토 마이즈루항 . 해상자위대에 의한 , 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다 . 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란 (유미란), 코고로 (유명한), 그리고 소년 탐정단 (어린이 탐정단). 그러나 갑자기 , 굉음이 울려 퍼지고 , 함내에 불쾌한 공기가 감돈다 . 이윽고 얼마 지나지 않아 , 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다 ! 그것도 , 무려 자위대원의 시체였다 ! 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다 . 수사에 나선 코난은 , 함내에 모국의 스파이 " X " 가 탐승한 것을 알게 된다 ....... 이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은 , 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다 .