나뭇잎마을은, 어느날 갑자기 수수께끼의 닌자들의 습격을 받아 심각한 피해를 입는다.
적의 정체는 한때 나뭇잎에 멸망한 '하늘의 나라'의 닌자들
나루토와 사쿠라, 히나타는 마을에 나타난 의사·신노와 그 제자인 아마르와 함께
정체 불명의 닌자에 습격 당했다는 불의 나라 밖의 마을로 향하지만 , 마을은 이미 누군가의 의해 파괴었다

아마르는 누군가에 의해 공격받고, 그것을 막으려던 신노는 대량의 쿠나이를 몸에 받아 사망해 버린다.
그 후 나루토와 사쿠라는 수수께끼의 유적을 발견하지만, 둘 앞에 정기를 잃은 아마르가 나타나고,
아마르는 '영미'를 자칭하는 동시에 뱀과 같은 괴물로 변하여 사람을 공격한다.
나루토는 그의 힘 앞에 고전하고, 한때는 구미의 힘이 폭주하기도 하지만 역부족,
직후에 유적이 진동을 일으키며 대지가 움직이고 나루토,아마르와 함께 유적은 하늘로 떠올라가 버린다.