2046년, 뉴로링커라는 휴대 단말이 보급되어 생활의 대부분이 가상 네트워크 기반인 세상스쿨 카스트의 최하층 소년 하루유키는 교내 제일의 유명인 흑설공주에게 브레인 버스트를 받아뉴로링커가 되는데. 그런데 어느 날, 영토전에 갑자기 나타난 검은 회오리로 인해 네트워크가단절되는 사태가 발생한다. 하루유키와 흑설공주는 그 원인을 밝히기 위해네가 네뷸러스의 멤버들을 소집하는데...
