풋볼 프론티어에서 라이몬 중학교의 우승으로 소년 축구는 일본에서 인기를 얻게 된다.
이윽고 축구 팀 운영의 요건으로 대규모 자금을 가진 스폰서가 붙어야만 하게 됐다.
때문에 스폰서가 붙지 않는 학교는 경기 관전을 유치할 수 없어 자금 부족에 의해 폐부에 몰리게 되었다.
고도·이나쿠니 섬에 있는 이나쿠니 중학교의 축구부에도 그 영향이 미치게 된다.
어느 날, 이나쿠니 중학교의 이사장의 명령으로 축구장이 철거되게 되었다.
이나쿠니 중학교 2학년인 주인공 이나모리 아스토는 전력으로 철거를 저지하려 하지만 제지된다.
그는 친구들과 함께 연습에 몰두하며 축구를 되찾기 위해 섬을 떠나 동경의 대상인 라이몬 중학교에 전학한다.
목표는 "풋볼 프론티어에서 1승을 하는 것''. 그리고 꿈의 무대, 풋볼 프론티어에 출전하는
라이몬 중학교와 처음 맞붙은 세이쇼 학원 1학년 하이자키 료헤이는 이나쿠니의 숨은 실력에 광소한다.
즐겁게 뛰는 이나쿠니의 선수들을 오우테이츠키노미야 중학교 2학년 노사카 유우마는 객석에서 바라보고 있었다.