찻집을 운영중인 부모님 및 오빠, 언니를 두고 있는 평범한 초등학교 3학년 여학생 나노하.
그러나 엉뚱한 계기로 다른 세계에서 온 소년 유노 스크라이어를 만나 마법의 힘을 얻게
되면서부터 그 평범한 생활에 큰 변화를 겪게 된다.
이쪽 세계에 흩어져 버린 다른 세계의 유산 "쥬얼 시드" 찾아내 회수해야
하는 임무를 떠맡게 된것이다.
쥬얼 시드는 이를 가진 사람의 소원을 들어주지만 그 댓가로 다른 것을 잃게 하거나,
그 욕심이 너무 큰 경우 예기치 못한 부작용을 일으킬 수 있는 무서운 것이기 때문이다.
귀여운 동물(페렛 같은 작은 동물)으로 변신 할 수 있는 유노와의 우정,
초등학교 3학년으로서 마땅히 해야할 일상의 학교 생활과 친구 관계에 더해 남몰래
마법 소녀로서의 임무를 다해야 하는 나노하.
그러던 어느날 나노하를 적대시하는 마법 소녀가 나타나고, 양자의 싸움을 지켜보는
제 3의 세력이 나타나면서 그 평온한 생활이 깨질 위기에 봉착하는데.