1기에 이어서 네우로이와 접촉할려다 오래된 네우로이 둥지보다더 큰 둥지가 나타나 사람형 네우로에를 없애버린다.그리고 새로이 나타난 네우로이를 없애기 위해요시카가 속해 있는 제 501 통합 전투 항공단이 다시 선립 된다.
