어느 날, 짱구 가족 앞에 갑자기 '미래맨'이라는 의문의 히어로가 나타납니다.
그는 "3분 뒤의 미래에 나타날 괴수들을 물리쳐야 한다"고 경고하며,
짱구 가족에게 영웅이 되어달라고 부탁합니다.
미래맨이 건넨 족자(시간 이동 통로)를 통해 짱구 가족은 3분 뒤의
미래로 이동할 수 있는 능력을 얻게 됩니다. 미래는 현재보다
시간이 빠르게 흐르며, 그곳에서는 TV 속 특촬물에 나올 법한 거대한 괴수들이 출현합니다.
짱구 가족은 3분 내에 괴수를 물리치고 다시 현재로 돌아오는
과정을 반복하며 점차 히어로로 성장합니다. 하지만 마지막에 나타난
강력한 보스 괴수 '시공조작인'과의 전투에서 위기에 처하게 되고, 결국
짱구 특유의 기지와 가족들의 협력으로 미래를 위협하는 거대한 음모를 막아야 하는데..