공각기동대의 스핀오프 격으로
작품의 시대는 종전후인 2027년, 주인공은 쿠사나기 모토코,
공안9과의 탄생 배경과 쿠사나기가 전신의체화 된 후부터 '소령'이라고 불리기 전까지의 이야기를 다루고 있다.

Boder3 줄거리
과거 스쿨라사스의 게릴라의 잔당들에 의한 테러가 일어난다.
이는 과거 모토코가 스쿨라사스를 암살을 한 일에서 시작된 일이었다, 진압에 나선 모토코는 또 다시 고스트 페인을 느낀다.
모토코의 애인인 아키라라는 전직 군인 출신인 정비사는 스쿨라사스의 멤버였고,
의도적으로 접근을 하였지만 그녀에 대한 마음은 진심인 상태였다.

모토코의 독립부대는 계속 활약 중이지만 아직 멤버 한 명이 부족해서 예산을 지원을 받지 못하고 있었고,
모토코는 마지막 멤버를 찾는 중이었다.