공각기동대의 스핀오프 격으로
작품의 시대는 종전후인 2027년, 주인공은 쿠사나기 모토코,
공안9과의 탄생 배경과 쿠사나기가 전신의체화 된 후부터 '소령'이라고 불리기 전까지의 이야기를 다루고 있다.

Boder2 줄거리
과거 카르디스탄에서 있었던 군사작전에서 학살행위를 저질렀다는 죄로 전범 재판을 받고 있는 소가 대령.
그러나 대령은 전쟁 이후 자신이 국가에게서 버림받은 희생양이 되었다며 진실을 밝히기 위해 국가기밀이 담겨있는 '판도라'에 접속하려고 한다.
대령을 믿고 따르는 바토, 이시카와, 보마를 포함한 군인들도 협조하는데, 쿠사나기는 이들을 막기 위해 움직이고
그 과정에서 미국 정보부 소속이라고 주장하는 비비의 도움을 받는다.

정부의 압력으로부터 자유로운 독립 공성부대를 만들고자했던 아라마키와 쿠사나기의 이해관계가 일치하고,
이번 소가 대령의 사건을 계기로 특수부대의 입지를 공고히 만들려고 한다.