광화 2년. 세계는 초합집국을 중심으로 결합되어 평화로운 일상을 구가하고 있었다.
그러나 그 평화는 갑작스럽게 끝나고, 나나리와 난민 캠프 위문에 동행하고 있던 제로, 스자쿠는 수수께끼의 나이트 프레임에 패배하여, 납치당하고 만다.
슈나이젤의 밀명을 받고 전사의 나라, 지르크스탄 왕국에 잠입한 카렌, 로이드, 사요코는 그곳에서 기아스 사용자를 만나 습격당한다.
그리고 그 자리에는 습격자에게 '전 교주님' 이라 불리던 C.C.가 있었다.
과거 신성 브리타니아의 대군조차 쓰러뜨렸던 무적의 왕국을 무대로, 사람들의 소원은 희망인지, 절망인지...
과연 기아스를 알고 있는 지르크스탄 왕국의 인물들과, C.C.의 목적은…….